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Avant d'être embauché comme professeur à l'École des médias, Jean-Hugues Roy était journaliste aux nouvelles de la télévision de Radio-Canada.
Détenteur d'un baccalauréat en géographie, il a eu la piqûre du journalisme en 1987, au cours d'un voyage en Amérique centrale, pendant les guerres civiles au Guatemala, au Salvador et au Nicaragua. À son retour, il a obtenu un Graduate Diploma en journalisme de l'U. Concordia et a travaillé pendant plusieurs années au journal Voir, tout en faisant des piges dans plusieurs magazines, dont Wired, L'actualité et Québec Science.
En 1994, il a reçu le Prix René-Lévesque de journalisme.
Il a débuté à la télévision de Radio-Canada comme journaliste, puis animateur de Branché, magazine hebdomadaire sur les technologies, entre 1996 et 2000. Il est aux nouvelles depuis 2000, avec un intervalle de 2004 à 2006 pendant lequel il a travaillé à l'émission de journalisme citoyen 5 sur 5, ainsi qu'en 2011 où il a travaillé au magazine télévisé scientifique Découverte. De 2004 à 2006, il a également été rédacteur en chef du magazine Le Trente, édité par la Fédération professionnelle des journalistes du Québec.